Die Masaryk-Universität besitzt keine umfassende Zentralbibliothek; sie gliedert sich in 8 zentrale Fakultätsbibliotheken, die die grundlegenden bibliotheks- und informationsspezifischen Aufgaben der jeweiligen Fakultät sicherstellen, und in weitere 126 Teil- und Fachbibliotheken, die sich an mehr als 40 Plätzen der Stadt befinden. Im Ganzen lagern in den Bibliotheken der Masaryk-Universität 1,3 Millionen Bibliothekseinheiten Fachliteratur aus allen wissenschaftlichen Bereichen.